Joidenkin maratontulokset joutuvat tarkempaan selvitykseen. Varsinkin USA.ssa massamaratoneilla tapahtuu paljon huijausyrityksiä.

Maratonjuoksujen osalta usein huijauksen syynä on saavuttaa pääsyvaatimustulos johonkin klassikkokisaan, kuten esim. Bostonin maratonille. Huijaus voi perustua siihen, että hankitaan joku toinen, nopeampi henkilö juoksemaan omalla juoksunumerolla. Tai sitten juostaan vain alku- ja loppuosa juoksusta, näin esim. silloin kun halutaan huijaamalla tehdä joku ikäkausiennätys tai sijoittua palkintosijoille. Myös juoksijaa voidaan vaihtaa kesken matkan.

Huijauksesta epäiltyjen väliaikatuloksia on selvitetty. Usein väliaikatulos puuttuu useasta pisteestä. Sinänsä ajan puuttuminen ei aina merkitse huijaamista, mutta harvinaista on, jos se puuttuu samalta juoksijalta usealta peräkkäiseltä väliaikapisteeltä, mutta ei esim. lähdössä ja maalissa. Samoin voidaan tarkastella väliaikatulosten perusteella juoksuvauhtia, onko se edes fysikaalisesti mahdollista kaikilla väleillä. Väliaikatulosten lisäksi voidaan tarkastella kisasta otettuja valokuvia, onko epäilty juoksija kuvissa vai ei. Sinänsä kuvien puuttuminen ei todista mitään, mutta on erittäin harvinaista, jos ei osu mihinkään kuvaan.

Useimmissa tapauksissa väärällä numerolapulla juoksemisessa kyse ei kuitenkaan ole huijauksesta, vaan joku pakottavasta syystä juoksunsa peruuttava tarjoaa toiselle mahdollisuuden osallistua eikä haluta maksaa mahdollisia numeronsiirtokuluja.

Eräänlaista huijausta on myös juosta kisassa, vaikka ei ole ilmoittautunut eikä maksanut osallistumisestaan, mutta käyttää järjestäjän tarjoamia palveluja hyväkseen. Usein tällaiset juoksijat käyttävät esim. väärennettyä tai edellisvuoden numerolappua hämätäkseen järjestäjiä ja päästäkseen lähtöalueelle. Miamin maratonilla näitä ns. bandiitteja poistettiin reitiltä noin 200.

Bostonin maratonilla vuonna 2014 sattui niin, että eräs juoksija tilasi itsestään otettuja valokuvia, joita sai tilata kilpailunumeron perusteella valokuvausfirmalta. Juoksija sai kuvia myös neljästä muusta juoksijasta (2 naista ja miestä), joilla kaikilla oli sama numero 14285. Epäiltiin, että nämä henkilöt olivat etukäteen kopioineet numerolapun oikean kilpailijan tekemästä instagram-postauksesta.

Usein maratonhuijausten yhteydessä mainitaan nimi Rosie Ruiz, joka Bostonin maratonilla 1980 tuli maaliin ajassa 2:31:56, mutta jonka suoritus hylättiin varsin perustellusti. Bostonin maratonin kuuluisin nainen lienee Kathrine Switzer, joka osallistui maratonille nimellä K.V. Switzer vuonna 1967, jolloin naiset eivät vielä saaneet osallistua maratonille (tai yleensäkään miesten kanssa samaan juoksukisaan). Tapauksesta, jossa järjestäjä yrittää repiä numerolla 261 juoksevaa naista pois reitiltä, otetut valokuvat ovat legendaarisia. Switzeriä suojelee mukana juossut miesystävä ja joku muukin kanssajuoksija.

Vielä vanhemmista tapauksista voi mainita henkilön Fred Lorz (USA), joka St. Louisin olympiamaratonilla vuonna 1904 saapui ensimmäisenä maaliin, mutta hylättiin, koska oli matkustanut autossa lähes puolet matkasta.

Worldloppet-massahiihtosarjassa on paljastunut huijauksia. Tavallisesti kyse on siitä, että hiihtäjällä on mukanaan taskussa myös toisen hiihtäjän siru, joka antaa tulokset järjestelmään, vaikka kyseisen sirun haltija ei ole ollut kisassa mukana. Esim. viimeksi Vasaloppetissa hiihtäjä tallentui maalikameraan yksin, vaikka tulosten mukaan samaan aikaan maaliin tuli kaksi hiihtäjää. Huijauksen tarkoituksena on yleensä ollut saavuttaa Worldloppet Master -arvonimi, vaikka ei olisi kaikkia vaadittavia suorituksia tehnytkään.

Vasaloppetin tapauksen jälkeen alettiin tutkia takautuvasti vuoteen 2011 asti Worldloppet-tuloksia, väliaikoja ja valokuvia, jolloin huijauksia alkoi paljastua yhä enemmän.

Maratonjuoksun yksi kiistelty henkilö on Parvaneh Moayedi (IRN, s. 1964), joka on kotoisin Iranista, mutta muutti USA:han noin 30 vuotta sitten. Vuonna 2013 hänen ilmoitettiin tehneen Guinnessin ennätyksen eniten vuoden aikana juostuja maratoneja (168 kpl) tehneenä naisena.

Moayedi järjestää itse maratonkisoja (lähinnä maratonkeräilijöille) oman yrityksensä ”I ran Marathons” nimissä. Hän on itse myös tulosluetteloissa mukana, vaikka joidenkin silminnäkijöiden mukaan ei ole välttämättä juossut kuin yhden kierroksen ja ollut suurimman osan aikaa huoltopöydän takana. Lisäksi joitakin maratoneja on juostu eri paikoissa ajallisesti niin lähekkäin, ettei niiden suorittaminen pitäisi logistisesti olla mahdollista. Badwater (135 mailia) -kisassa hän on silminnäkijöiden mukaan matkustanut huoltoautossa. Omien kotisivujensa mukaan hän on ainoa nainen maailmassa, joka on juossut yli 1000 maratonia, vaikka heitä todellisuudessa on ainakin 3 muuta. Moayedi DUVin tietokannassa: http://statistik.d-u-v.org/getresultperson.php?runner=164800.

Ohiossa asuva Derek Murphy (joka itse on juossut nuorempana 10 maratonia) yrittää paljastaa maratonhuijareita. Hän käyttää hyväkseen saamiaan vihjeitä, väliaikatuloksia, valokuvia sekä analyysiohjelmia. Hänen sivustonsa on: http://www.marathoninvestigation.com/.